灌溉施肥提高肥料的利用率。水肥被直接輸送到根系泥土，可充分保證養分的有效供給和根系的快捷吸收。因水肥溶液在泥土中均勻散布，使得養分散布高度均勻，提高了根系的吸收效率。對微灌而言，因為濕潤領域于根系集中的區域及水肥溶液地均勻散布等起因，施肥效率大大提高。因為微灌的流量小，相應地延長了作物吸收養分的時間。在滴灌下，含養分的水滴遲緩滲入泥土，根區泥土水分飽和后立刻停滯灌水，因此能夠減少養分向深層泥土的滲漏，特別是硝態氮的淋失。傳統上施肥和灌溉都是分開進行的，肥料施入泥土后，因為沒有及時灌水或灌水量不足，肥料存在于泥土中，根系并沒有充分吸收。在灌溉時泥土能夠達到水分飽和，但灌溉的時間很短，因此根系吸收養分的時間也短。
　　灌溉施肥節儉施肥勞力，特別對蔬菜和大棚內栽植的作物尤為顯然。在果樹栽培中，水肥管理耗費大批的人工，每次施肥要挖穴或開淺溝，施肥后要灌水。利用設施灌溉施肥后水肥同步管理，可節儉大批勞力。