水產品加工同其他食品加工一樣，從原料的采集、加工、儲存、運輸等各個環節，都有其嚴格的衛生標準，否則產品質量則無法得到保證。在水產品加工中，應用臭氧消毒技術，則有可能使產品質量提高到一個新的水平。
1.1.1 生產用水的殺菌凈化
水產品加工生產需要大量的潔凈水，這是生產成本中一項較大的開支。目前，由于工、農業從原料的采集、加工、儲存、運輸等各個環節，都有其嚴格的衛污染日益嚴重，許多水產加工廠家的水源達不到衛生指標。而使用其他的消毒方法又存在有害殘留，符合出口標準。因此一些水產品加工企業，使用臭氧消毒技術有效的解決這個問題。
 青島冷藏廠是食品出口企業，利用海水加工水產品。由于地處市區海邊水源受到污染，對水產品質量造成嚴重的影響。 1994 年建成海水臭氧處理站，應用清華大學生產的 500 g/h 臭氧發生器處理 200 m 3 ／ h ，取得良好效果，見表 21 。
 由于該廠有效的解決加工用水的污染問題，提高了出口產品質量，現已通過 ISO 一 9002 認證。
 大連德昌水產養殖公司，是地處旅順水師營鎮的鄉鎮水產加工出口企業，其主要產品大園頜針魚片全部出口日本。由于該廠周圍的菜地使用大量農家肥，地下水源受到嚴重污染。日方客戶對產品進行檢驗，
 細菌數超標并發現，在 97 年初電傳該廠對產品質量提出異議。為此， 97 年 5 月由天津市水產研究所與清華大學合作，為該廠建成臭氧水處理系統，使加工用水得到了凈化。經臭氧處理后水中的細菌殺滅率為 99.9% 以上，提高了產品質量，使企業經濟效益得到了保證。同時，旅順一帶的小型水產品加工企業，為保證自己的產品也能達到出口標準，紛紛帶料來該廠加工。
 《世界科技譯報》 1995 年 5 月 24 日報道了臭氧具有愈合傷口的功效，這一點在旅順德昌水產品加工廠得到證實。在生產中，操作工的手經常會被魚刺破或被劃傷，受傷后很快化膿，久不愈合。在使用臭氧水加工后，操作工普遍反應，受傷后傷口不化膿容易愈合，因此很受操作工的歡迎。
 煙臺外貿冷藏二廠是國家大型二級企業，其加工用水為自采地下水。由于水環境污染嚴重，長期采用次氯酸納對加工用水進行消毒，使加產品工品質量受到影響。 1997 年由清華大學設計安裝一套 THW — 500 型臭氧水處理系統，兩年多來系統運行正常，水質一直保持潔凈狀態，保證了加工的水產品質量，受到上級商檢、防疫部門的好評。在運轉中的水質測試結果，見表 22 。
1.2 臭氧化水在魚貝儲存和凈化中應用
1.3.1 國外有很多質料報道了臭氧在魚、蝦、貝凈化與儲存的研究和應用實例。 1936 年 Salon and Le Gall 研究發現儲存在臭氧化冰中的新鮮魚類 12 ～ 16 天后仍可食用，而儲存在 ( 次氯酸 ) 消毒了的冰中的魚類 12 天后，很可能 8 天后，即不宜食用。他們還發現，新鮮的魚類置于臭氧處理的冰中，其儲存時間幾乎延長 2 倍。一般認為臭氧在 0 O C 相當穩定，不易自然分解。含有臭氧的冰在融化時，冰水混合物中會有臭氧存在，對微生物生長有抑制作用，從而延長了魚的保鮮期。
 在 1963 年至 1979 年的一系列文章中， Fauvel 分別研究了氯氣和臭氧對沾有大腸桿菌的貽貝和蛤子的降解污染效果，發現冷藏多次后，肌肉和瓣狀間液體大腸桿菌下降數都高于氯氣。 Fauvel 1977 研究了所需臭氧的估算，水含 2000 ～ 5000E.coli ／ l 投加臭氧量為 1.5 ～ 2.10 g ／ m 3 。 Chen 等， (1987) 研究了臭氧作用于含有 9 個菌種 ( 包括大腸桿菌、假單包菌屬、綠膿桿菌和傷 ) 的小蝦。在初期試驗中，沖洗 1 小時的蝦肉加入 2 ％含 5.2 mg ／ 1 臭氧的鹽液后，大腸菌減少 98.5 ％。進一步研究表明，鹽溶液臭氧化比含有機復合物的水更有效，肌肉臭氧化后未發現變質 (Chen 1992) 。
1.3.2 天津地處渤海西岸灘涂廣闊盛產貝類，近年來由于渤海污染，貝類質量受到嚴重影響。天津市水產研究所于 1998 ～ 1999 兩年間對四角蛤蜊和毛蚶，分別用臭氧凈化海水和普通海水進行凈化對比試驗。經 24 小時暫養后，試驗組貝肉中的細菌總數、糞大腸菌數分別是對照組的 1 ／ 200 和 1 ／ 10 ，貝肉中糞大腸菌數由本底值的 9300 個／千克降低到 <300 個／千克，可以看出應用臭氧使貝類得到了明顯凈化。
1.4 氣相臭氧的應用
 氣相臭氧作為高效、廣譜、無殘余污染的氣體消毒劑，比食品行業常用的化學消毒劑如：過氧乙酸、、甲醛 ( 福爾馬林 ) 、二氧化硫 ( 硫磺熏蒸 ) 等相比，其效果具有特殊的性。臭氧會自行分
 解成氧氣而不產生殘余污染，消毒后不需要通風換氣。
 臭氧與紫外線照射殺菌相比較，具有擴散性好、濃度均勻、等特點，而紫外線對不能照射的地方無殺菌效果。在相對濕度 60% 以上時，紫外線殺菌效果急劇下降， 80% 濕度以上時反可誘使細菌復活。一般的情況下，水產品加工車間及冷藏庫內的濕度都比較大，而使用臭氧則濕度越大殺菌效果越好，對食品加工行業 80% 一 90 ％高濕度環境特別適合。
1.5.1 冷庫消毒，冷庫的生物污染源主要是霉菌，因其在低溫條件下存活對消毒劑有較強的耐受力。甘肅生物科研所和蘭州大學合作，對蘭州地區冷庫的青霉菌作消毒劑篩選試驗，在甲醛、過氧乙酸、倉爾油和臭氧消毒效果對比中優選出臭氧。在臭氧 12ppm 作用下 3 — 4 小時，包括抵抗力的未萌動孢子皆被殺死。
 冷庫除味應用臭氧效果，短時間內即可奏效。廣州 1 黃埔冷凍廠用臭氧去除魚變質臭味，一小時即完成。成都一家冷庫用臭氧去除魚庫的腥臭味后儲藏冰淇淋質量很好，其它消毒劑則達不到要求。
1.6.2 食品加工車間的殺菌凈化，速凍食品，水產品加工及包裝車間，都有比較高的衛生要求，生產車間的微生物污染是影響產品質量的極重要因素。目前國內的加工車間大都采用紫外燈消毒，由于紫外法殺菌存在的缺點，加工品的微生物指標都很難控制，在夏季尤為嚴重。臭氧用于加工車間消毒效果很好，一般使用 0.5-1.0 ppm 即可達到 80% 以上的殺菌率，并可有效的去除車間異味。
 原天津外貿冰凍廠，加工海產品，腸衣等氣味嚴重的車間，都使用臭氧除味非常有效，每天開機 1 小時，細菌殺滅率達到 91 。 3% ，產品合格率大幅度提高。
 煙臺外貿冷藏二廠多年來在加工。包裝車間及更衣室使用了臭氧消毒，保證了車間的衛生條件，提高了加工水產品質量，其細菌檢測結果見表 23 。
1.7.3 使用臭氧對工作服和加工器具消毒，非常有效簡便易行。尤其是對工作服消毒，不會產生棉布因高溫高壓蒸汽滅菌后產生的使工作服由白變黃，纖維受到破壞而脫落的現象。不但消毒，而且還會延長使用壽命