一般生物潔凈室主要用于大部分藥品和生物制品生產、部分食品、化妝品、保健品工業、醫療設施（如醫院潔凈手術部）等，內部通常保持正壓。

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      生物學安全潔凈室主要用于有生物學安全要求的實驗室或部分藥品和生物制品（如重組基因、疫苗制備等）的生產，內部通常保持負壓。

以醫藥潔凈室為例，空氣中影響藥品質量的污染物質不只是懸浮微粒，另一個重要的污染物質是微生物。微生物多指細菌和真菌，也可分為浮游菌和沉降菌，在空氣中常黏附于懸浮微粒或以菌團形式存在。雖然大多數微生物對人無害，致病菌只是其中少數，但微生物的生存特點使得它對藥品的危害性比微粒更甚。藥品受懸浮微粒和微生物污染后會變質，一旦進入人體將直接影響人體健康，甚至危及人的生命安全。因此與其他工業潔凈廠房不同，醫藥潔凈室必須以懸浮微粒和微生物為環境控制的主要對象。醫藥潔凈室的空氣潔凈度等級引用我國 ＧＭＰ （藥品生產質量管理規范（ 2010年修訂））， ＧＭＰ （2010）潔凈室（區）空氣潔凈度等級規定見表３、表４ 。在藥品生產環境中，Ａ 級、Ｂ級多用于無菌藥品生產的主要工序或對環境要求比較高的場所，Ｃ級、Ｄ級則常用于非無菌藥品生產或與無菌藥品生產配套的輔助生產工序。

以醫院潔凈手術部為例，為控制醫院潔凈手術部不同用房的室內環境衛生質量，降低手術外源性感染風險，潔凈手術部用房應按環境空氣中的細菌濃度分級，并以空氣潔凈度級別作為必要保障條件。潔凈手術室用房的分級標準見表５。控制手術部位感染主要包括兩種，感染源為病人自身的內源性感染和感染源來自醫護人員、器械及室內空氣環境的外源性感染。醫院潔凈手術部平面組合的重要原則是功能流程合理，潔污流線分明并便于疏散，這樣做既有利于減少交叉污染，有效地組織凈化空調系統，又比較經濟。但對于負壓手術室則要求潔污分流不僅僅是分明，而且不能交叉，以防萬一